Bereits um das Jahr 1200 wird erwähnt, dass das Gebiet der Pfarrgemeinde Egglkofen zum Bistum Regensburg gehört. Damals war Egglkofen jedoch keine eigenständige Pfarrei, sondern gehörte zur Pfarrei Binabiburg. Da Egglkofen nur eine Nebenkirche war, fanden nur gelegentlich Gottesdienste statt. Regelmäßige Gottesdienste fanden dann ab dem Jahr 1666 statt, zu denen ein Kaplan aus Binabiburg kam. Im Jahr 1749 wurde Egglkofen als Expositurkirche bezeichnet, und 1823 schließlich zur eigenständigen Pfarrei erhoben. Seither wirkten folgende Priester in Egglkofen:
1823-1826 Matthias Schön
1826-1877 Franz Seraph Häglsperger
1877-1889 Anton Urban
1889-1894 Thomas Stubenhofer
1894-1898 Georg Dengler
1898-1903 Michael Wolfbauer
1903-1923 Florian Huber
1923-1930 Eduard Stöcklein
1931-1960 Ludwig Groll
1960-1978 Franz Bauer
1978-1982 Robert Weiß
1983-1991 Joseph Dotzler
1991-2004 Wolfgang Stowasser
2004-2012 Pater Paul Kalarickal
2012-2017 Pater Paul Gnalian
2017-2020 Pater Marian Leibl
ab August 2020 Markus Hochheimer
Franz Seraph Häglsperger (1796-1877), geboren in Hub bei Binabiburg, galt beim Volk als "der heilige Dechant von Egglkofen".
Häglsperger studierte Theologie unter Prof. Johann Michael Sailer in Landshut.
Bereits in den ersten Jahren seiner Laufbahn begann sich seine Berufung zum Schreiben abzuzeichnen. Sein literarisches Werk (z.B. "Themata zu Predigten", viele Gebetbücher und Geschichten für die Jugend) machte ihn ebenso weit über die Grenzen der Pfarrei hinaus bekannt wie seine geistliche Gesinnung. Er übte Armut und Askese, war ohne Besitz und bedürfnislos. Mit seiner ganzen Person lebte er die Würde seines Priestertums vor. Ihm genügte es, ein einfacher Bauernpfarrer zu sein, deshalb lehnte er eine hohe Stellung in Regensburg ab.
Heute noch erinnert eine Bronze-Gedenktafel am Außeneingang der Sakristei an Pfarrer Häglsperger. Des weiteren wurde eine Straße in Egglkofen nach ihm benannt.