Bereits um das Jahr 1200 wird erwähnt, dass das Gebiet der Pfarrgemeinde Egglkofen zum Bistum Regensburg gehört. Damals war Egglkofen jedoch keine eigenständige Pfarrei, sondern gehörte zur Pfarrei Binabiburg. Da Egglkofen nur eine Nebenkirche war, fanden nur gelegentlich Gottesdienste statt. Regelmäßige Gottesdienste fanden dann ab dem Jahr 1666 statt, zu denen ein Kaplan aus Binabiburg kam. Im Jahr 1749 wurde Egglkofen als Expositurkirche bezeichnet, und 1823 schließlich zur eigenständigen Pfarrei erhoben. Seither wirkten folgende Priester in Egglkofen:
- 1823-1826
- Matthias Schön
- 1826-1877
- Franz Seraph Häglsperger
- 1877-1889
- Anton Urban
- 1889-1894
- Thomas Stubenhofer
- 1894-1998
- Georg Dengler
- 1898-1903
- Michael Wolfbauer
- 1903-1923
- Florian Huber
- 1923-1930
- Eduard Stöcklein
- 1931-1960
- Ludwig Groll
- 1960-1978
- Franz Bauer
- 1978-1982
- Robert Weiß
- 1983-1991
- Joseph Dotzler
- 1991-2004
- Wolfgang Stowasser
- 2004- 2012
- Pater Paul Kalarickal
- 2012- 2017
- Pater Paul Gnalian
ab September 2017 Pater Marian Leibl
Franz Seraph Häglsperger (1796-1877), geboren in Hub bei Binabiburg, galt beim Volk als ?der heilige Dechant? von Egglkofen?.
Häglsperger studierte Theologie unter Prof. Johann Michael Sailer in Landshut.
Bereits in den ersten Jahren seiner Laufbahn begann sich seine Berufung zum Schreiben abzuzeichnen. Sein literarisches Werk (z.B. ?Themata zu Predigten?, viele Gebetbücher und Geschichten für die Jugend) machte ihn ebenso weit über die Grenzen der Pfarrei hinaus bekannt wie seine geistliche Gesinnung. Er übte Armut und Askese, war ohne Besitz und bedürfnislos. Mit seiner ganzen Person lebte er die Würde seines Priestertums vor. Ihm genügte es, ein einfacher Bauernpfarrer zu sein, deshalb lehnte er eine hohe Stellung in Regensburg ab.
Heute noch erinnert eine Bronze-Gedenktafel am Außeneingang der Sakristei an Pfarrer Häglsperger. Des weiteren wurde eine Straße in Egglkofen nach ihm benannt.